1. den Workflow halte ich für richtig.
2a. Ein einfaches Abflachungsmapping ist was für Faule, aber würde für das Anpinseln im Substance Painter reichen. Zu Beachten wäre da nur, dass man den Winkel beim Abflachen besser auf 0° einstellt, anstatt der voreingestellten 45°. Gerade bei schrägen Flächen (z.B. bei einem schrägen Dach) könnte man sonst Verzerrungen in der Textur wahrnehmen.
2b. Ein Mapping für Fleißige würde bedeuten, dass man Shapes sinnvoll zusammennäht. D.h. jetzt nicht, dass man alles wie blöd zusammennähen müsste, aber z.B. die Oberfläche eines Zylinders oder eine abgerundete Kante würde ich immer zusammennähen. Zusätzlich hat man bei solch vernähten Shapes dann auch die Möglichkeit die weniger polygonreichen Flächen von LOD1-x auf die selben Stellen zu legen.
2c. Zur besseren Übersicht im SP und auch später vielleicht für Repainter, wäre es gut, wenn man mit der Gruppierungsfunktion des UV Editors arbeitet. Da Max sehr schwach bei der Anpassung von Texel Größen ist, empfehle ich hierzu auch das Zusatzmodul Advanced UV Normalizer.
Max ist auch sehr schwach beim Zusammenpacken von UV Mappings. Sehr hilfreich ist hier der kostenlose UV Packer. Mit dem Teil nutzt du die Fläche des Texturatlanten viel besser. (siehe die großen Abstände zwischen den Mini Shapes auf deinem abgebildeten Mapping)
3 oder 2d. Ja, den Bahnhofsnamen kannst du einmal so mappen. Für das Anpinseln in SP würde ich dann aber nur ein Mesh (einen Bahnhofsnamen) in des Material packen und die anderen in ein Dummy-Material - also eine andere Material-ID. Wenn die Textur später fertig ist und du für Trainz exportierst, änderst du deren Material-ID wieder auf die richtige ID. Das hat den Vorteil, dass dir der SP nicht ungewollte Schatten oder (schlimmer) Richtungfehler beim Hight Material reinhaut.
4 (dein 3). Wenn es Fenster werden sollen, durch die man durchgucken kann, ist ein separates Material besser. Sollen die Fenster nur angedeutet sein und glänzen, so können sie auch mit in das Hauptmaterial.
cheers
Christian