Ich bin mal so frei:
- Klar kannst du. Substance Painter liefert dir im Ergebnis nichts anderes als eine Textur (also eine Bilddatei), was du dann damit machst ist dein Bier. Trainz stellt sogar offizielle Substance Painter Export Presets bereit.
- Nö (mal abgesehen davon dass dein Modell UV-Unwrapped sein muss, wobei auch das Substance für dich übernehmen kann - mal mit mehr mal mit weniger Erfolg).
Aber wie du selber schon ansprichst, du brauchst zwingend das Rohmodell dazu, ohne wird es nichts. Und repainten mit Blender ist quatsch.
Repainten im klassischen Sinne wird aber niemals Substance verwenden, weil du ja die bestehende Textur veränderst - hier wäre also Photoshop und Konsorten angebracht.